Le directeur général est nommé par le Conseil d’administration après désignation par le Comité des ministres pour une durée de quatre(4) ans, renouvelable une fois.

Il assure la gestion de l'Agence en exécution des décisions prises par les deux instances statutaires précitées;

• Recrute tout le personnel de l'Agence à l'exception de l'Agent Comptable et du Contrôleur Financier;

• Est responsable de la gestion administrative de l'Agence.
  

• Nomme dans chaque Etat membre un "Représentant", responsable des activités de l'Agence dans son Etat d'affectation.

Le Directeur Général est assisté dans l'exécution de sa mission par sept Directeurs.

Le Directeur Général

Mohamed Moussa

Comité de direction 

Ceubah Guelpina

Directeur des Ressources Humaines

Louis Bakienon

Directeur de l'Exploitation de la Navigation Aérienne

Mahfoudh Moctar

Directeur de la Météorologie Aéronautique

Pedro Obama Rabago

Directeur des Moyens Techniques et Informatiques

 Aminata Diop Sall

Directeur de la Sécurité, Qualité et Environnement

Louis Prince Agbodjan

Directeur des Ressources Financières

Ambroise Gnahoua Gnahoua

Chef de Cabinet du Directeur général

Ibrahim Kassim

Directeur des Etudes et Projets