Le directeur général est nommé par le Conseil d’administration après désignation par le Comité des ministres pour une durée de quatre(4) ans, renouvelable une fois.

Il assure la gestion de l'Agence en exécution des décisions prises par les deux instances statutaires précitées;

• Recrute tout le personnel de l'Agence à l'exception de l'Agent Comptable et du Contrôleur Financier;

• Est responsable de la gestion administrative de l'Agence.
  

• Nomme dans chaque Etat membre un "Représentant", responsable des activités de l'Agence dans son Etat d'affectation.

Le Directeur Général est assisté dans l'exécution de sa mission par sept Directeurs.

Le Directeur Général

Mohamed Moussa

Comité de direction 

Ceubah Guelpina

 Directeur des Ressources Humaines

Louis Bakienon 

Directeur de l'Exploitation de la Navigation Aérienne

Moïse Betole Ada

Directeur de la Météorologie Aéronautique

Pedro Obama Rabago

Directeur des Moyens Techniques et Informatiques 

 Aminata Diop Sall

Directeur de la Sécurité, Qualité et Environnement

Ibrahim Kassim

Directeur des Etudes et Projets

Louis Prince Agbodjan

Directeur desRessources Financières 

Ambroise Gnahoua Gnahoua

Chef de Cabinet du Directeur général

 Yves Armand Iyock

Inspecteur général & Audit